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ある朝、リリアン女学園の高等部に通う平均的な1年生・福沢祐巳（ふくざわ ゆみ）は、憧れの先輩である「紅薔薇のつぼみ（ロサ・キネンシス・アン・ブゥトン）」こと、2年生の小笠原祥子（おがさわら さちこ）に呼び止められ、制服の身だしなみを正される。このことをきっかけに、高等部生徒会「山百合会」の本部である「薔薇の館」を訪れることになる祐巳。本作は、彼女を中心に乙女達の学園生活を描いた作品である。

「俺が先生のお兄ちゃんになります！」”般若”と呼ばれるほど怖い顔を持つ高校二年生・半田慎太郎は病気がちな母に代わりバイトで生活費を稼ぐ日々を過ごしていた。ある日、そんな彼に英語教師・橘マリアから「個別指導」の提案が持ち上がる。美人教師と高校男子が放課後の進路指導室に二人きりーー。ある意味、絶好（!?）のシチュエーションのはずなのに展開は誰もが予想しない方向に…!?

魔法。それが現実の技術となってから一世紀弱。魔法を保持・行使する「魔法師」育成機関「魔法科高校」に今春、とある少女が入学する。容姿端麗で完全無欠な優等生――彼女の名は、司波深雪。共に入学した兄・達也との仲睦まじい高校生活を夢見ていた彼女の前に、一科生と二科生――優等生と劣等生との壁が立ちはだかり!?

かつて「超能力」と呼ばれていた先天的に備わる能力が「魔法」という名前で体系化され、強力な魔法技能師は国の力と見なされるようになった。20年続いた第三次世界大戦が終結してから35年が経つ西暦2095年、魔法技能師養成のための国策高等学校の一つ、国立魔法大学付属第一高校に、エリートとして将来を約束された「一科生」の妹と、その補欠である「二科生」の兄が入学した時から、卒業するまでの物語である。

パプア・ニューギニアを舞台に、近代化により失われ行く神話と伝統を、日本神話に絡めて描く。

昔々、魔女という生きものがいました。 しゃべるランタンと共に旅をする少女ミカは、吹雪を避けて立ち寄った教会で「心臓のないあわいの魔女」の噂を聞く。悪魔に心臓を売って、不死になった魔女が新しい心臓を求め、夜な夜な森を通る人間の心臓を狩るという…。あわいの魔女の正体とは一体…! ? 荘厳華麗な世界で繰り広げられる、純然たるファンタジー! !

領主の息子・アグレディオスが長い狩りから村に帰ってくると、かつての喧騒が、笑い声が、消えていた。"禁忌の森"に住む"魔女"が原因だと知ったアグは、絶望を怒りで塗りつぶし復讐のため森へと分け入っていく。

3人の妹を持つ平凡な男子中学生・吉川春生。彼の通う学校に、ある日不思議な雰囲気を持つ美少女魔宮あゆみが転校して来た。その後、なんと春生の家にあゆみの姿が。あゆみはメイドとして住み込むことになったのだ。

スラムに住む少年リカルナは、EDENに対抗するレジスタンス、COSMOS（コスモス）のメンバーである。EDENのヘブンスタワーの最深部・エリア零にあるマザーを破壊するため仲間と共にエリア零へ進入したリカルナは、そこでマザーを守るサイボーグ、マザーキーパーと対峙、戦いの末殺されてしまう。それから時が流れ、目を覚ましたリカルナは自分が生きていることと容姿の変化に驚く。そんな彼の前に現れたエリア零の責任者、ジムはリカルナをサイボーグにし、彼にマザーキーパーとして戦うように告げる。

自称「背景キャラ」の主人公・温水和彦は、ある日偶然クラスの人気女子・八奈見杏菜が同級生の男子生徒に振られている現場を目撃してしまう。それ以降、和彦は杏菜を含めた複数の負けヒロインたちと関わっていくこととなる。