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閑静な住宅地に『高野探偵事務所』の看板を掲げて居を構える高野聖也は、自他共に認める強烈な大食いである。大学の後輩である緒方警部の依頼で、様々な事件にその推理力を奮っている。一見クールな高野には、現場の証拠品である様々な食品類を食らうという困った癖があった。頭を痛める緒方警部。だが、それは事件解決のための高野独自の行動でもあった。かくして高野は様々な事件を解決に導いていく。

言葉が足りずどこか誤解されがちなカメラ少女のもゆる。物静かでコミュニケーションが不得手な美少女の銀。写真を撮りたいもゆると、拒む銀。それとは対照的にお互いの姉同士は偶然の出会いから急速に仲良しに!?

舞台は、銀河系の各惑星が銀河鉄道と呼ばれる宇宙空間を走る列車で結ばれた未来世界（テレビアニメ版では第1話冒頭のナレーションで西暦2221年と設定）。宇宙の多くの裕福な人々は機械の身体に魂を移し替えて機械化人となり永遠の生を謳歌していたが、貧しい人々は機械の身体を手に入れることができず、機械化人の迫害の対象にされていた。そんな中、機械化人に母親を殺された主人公の星野鉄郎が無料で機械の身体をくれるという星を目指し、謎の美女メーテルとともに銀河超特急999号に乗り込む。

孤独な少年ジョバンニが、友人カムパネルラと銀河鉄道の旅をする物語で、宮沢賢治童話の代表作のひとつとされている。

惑星改造された金星でくりひろげられる、（人間を含む）生き物の生活と戦いを描いている。

歴史的偉人や有名人をキャラクターとして起用したり、名作のパロディや語彙の豊富な台詞を用いたりする一方、安直なネーミングを用いる、登場人物の多くは友達がいない、主役のほとんどは周囲からバカにされたり苛められている、卑屈な性格である、社会的地位が低い、奇妙な青春を過ごしている、他の漫画では絶対に主人公になれないようなキャラクターを主人公に持ってくる、ステレオタイプな設定、天丼ネタが多いなどの特色を持つ。

聖徳太子に小野妹子、松尾芭蕉に曾良、うさみちゃんにクマ吉君…。歴史上の人物からケダモノまでが登場し、シュールなギャグでキミを笑いのアリ地獄に引きずりこむ!

ヒトの形をした動物に関する歴史の話。 水たまりの中の自分と顔を交換した人の話。 ゴミ川の中のフラスコの中の人魚の話。 現代の路上にいる神の話。

日本のとある場所にある阿座河村。そこに伝わる伝承"ことりおばけ"。主人公・シオリは亡くなった両親の思い出を求め、村に降り立つ。出会った青年・須賀とともに村の秘密に迫るのだが――。

「大好物」ではないけれど、心の「局地」にいつもキミがいるんだ。ちくわぶ、甘食、かんぴょう、ちくわの磯辺揚げ、すあま、ぎゅうひ、冷凍みかん、そば湯などなど…ちょっと地味だけど、どうしようもなく「愛しい」食べ物たちへ捧げる讃歌。