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宇宙に浮かぶ都市文明「コクーン」。国連大学の学生で、幼なじみのアラタ、ターラ、シーザー、ルイの4人組は、宇宙時代に適応した新人類“ネオニティ”のこどもたちだった。 ある日、彼らは歓楽街の路地で緑の髪の少女に出会う……。

（有）タイムトラベル春日研究所の研究内容は、“脳内タイムトラベル”。 20年間かけてスキャンした市内の物理・物質・霊質構造を脳内に投影することで、 特定の時空を再現するのだ。まともな人間には冗談のような研究。 しかし、人生に迷った人間には、まさに奇跡。今日も迷った人間が研究所の扉を 開く。 過去に置き忘れた、かけがえのない“何か”を探すために──。

超能力一家の長男の春日恭介は、父の隆、双子の妹まなみとくるみの4人家族。恭介は超能力が使えること以外は普通の中学生。 超能力は春日家だけの秘密なので、超能力がバレるたびに春日家は転校を繰り返していた。くるみが以前の中学校で100メートルを3秒で走ったために、春日一家が7度目の転校をした場面から物語は始まる。 そして7度目の転校で引っ越した街を散策していた恭介は、赤い麦藁帽子をかぶった少女、鮎川まどかに出会い、一目惚れ。だが後日、まどかは学園一の不良少女で男子からも恐れられている同級生と知る。後に校内で再会し、恭介とは初対面であるかのような態度をとるまどかに戸惑う恭介。最悪の再会をした二人だったが、次第に惹かれあっていく。

ロボットオタクのアルは、学園都市に暮らす卒業間近の学生。２足歩行ロボットの製作を夢見るも実験は失敗ばかり…同級生にもバカにされていたが、ある夜実験中のアルの元に美少女が!?

“中国”に侵略され属国となり“アメリカ”との戦争に邁進する近未来の日本。環東軍に入隊した名取不二雄は、第一機動旅団に配属された日、不思議な言動の白髪の少女と奇妙な容貌の人型兵器に出会う。その直後、彼らは“アメリカ”のビーム兵器に攻撃される。瀕死の重傷者を救おうと必死になる名取をよそに、少女は現場に現われた軍服姿の女性に促され、奇妙な人型兵器福神に乗り込み、敵へと向かう。

いつともわからない未来社会。高度に機械化された都市の飲食店で働くサイボーグ少女「六」の前に、一人の少女「キヌ」が現れた。 武装したエージェントに追われる彼女は、常人を遙かに超える身体能力と戦闘力を持っていた。

宇宙世紀0091年、木星圏にいたジュドー・アーシタは地球からの船とともにやってきたアムロ・レイに出会う。 アムロはジュドーにジオンの残党が関わっているとされる超大型モビルスーツらしきものの写真を見せ、それの調査協力を依頼する。アムロ達が運んできたモビルスーツ「メガゼータ」に乗り、強行偵察に出た2人とシマ・八丈、鉄面皮の一行は、小惑星の背に固定されている巨大な人型ロボットとジオン残党の基地を発見する。

鈴原みさきは中学進学のために上京、その時偶然見かけたエンジェリックレイヤーに魅了される。開発者でもあるいっちゃんに導かれ即天使の卵を購入すると、生まれた天使にヒカルと名づけ、公式トーナメントに参戦する。みさきは生まれながらの才能を開花させ、初出場ながら次々と相手を倒していく。

地球上に生命が発生してから現在まで、進化の過程のなかで、30億年の記憶をすべて引き継ぎ持っている少女エマノン。次の世代を産むまでの間、彼女は「地球の記憶」とともに生きることになる。

ウィルスの大流行が起こり、帝国主義的な巨大政権が世界を握る近未来を舞台に、麻薬カルテルのボスを父親に持つ少年、エリヤの死闘と成長を描く。第1話のみエリヤの父、エノアの少年時代の物語となっており、第2話以降でエリヤの物語となる構成が取られている。