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世界を揺るがす忍界大戦から時は流れ、人々は平和を享受していた。木ノ葉の里では新たな世代が育ち始めている。だが、写輪眼を持つ不穏な影が蠢動を始め、サスケとサクラの娘・サラダが標的として狙われ！？

時は現代。そこには昔より存在する忍の世界＝「隠の世」があった。隠の世が生んだ最大の秘術「森羅万象」を体内に刻まれた少年と、それを手に入れんとする者たち、そして彼を守らんとする忍達の戦いを描く。

桜坂高校2年A組出席番号25番、中肉中背、どこにでもいる平凡な高校生村雨クナイ。ただ一つみんなと違うのは、彼が公儀隠密の時代から国防を担う諜報一族に生まれ育った忍者の末裔であり、修行中のスパイの卵だということである。彼の正体が周囲にばれる事は、日本の秘密諜報部員である父親の正体もばれるという事。それすなわち、国防の危機と自身の抹殺をも意味する!?

2049年、東京。政府が打ち出した「ガラパゴス改革」により、 ロシア・中国・アメリカと日本を繋ぐハイパーループが開通。 グローバル化を意図したその政策は 東京を世界一の犯罪都市へと変えた。 犯罪率の上昇に伴い、 裏社会では戦国の世から続く奴らの存在が認知され始めた。 それが―忍。

忍者×源術師（ソーサリアン）×人工知能（ヒューマノイド）×文系少年… 今始まる刺激的なスクールデイズ。

刀賀エータは、ゲームが大好きな高校生。彼はただ静かに暮らしたい。…だが、そんな彼は忍者の末裔で、謎の女の子まで現れて、しかも、その娘は大きな羽に鋭い爪の鳥人。 異世界への扉は今開かれた。

来る者を拒まないが、歓迎もしない街──ウイザードシティ。中でも、一際危険な場所であるクラブ「ネバーランド」に連れてこられた妖精のフランは、同じく囚われの身となった迷子の忍者・小雪丸と出会う。

信州の親元を離れ、東京で暮らす中学2年生の美少女―御城 紫信（おしろ しのぶ）のクラスに、信州に現存する忍者の隠れ里―御城の里より幼なじみの忍者―奥 才蔵（おく さいぞう）が転校して来た。同級生にも関わらず、紫信とは主と家臣の関係である才蔵は、恋慕う紫信と幼い頃に交わした“必ず助けに行く”という約束を果たしにやって来たという。そんな折、何者かの襲撃予告通りに紫信が襲われる事件が起こる。

幼少期から忍者として教育を受け、最高の諜報員として育て上げられた主人公・根来牡丹は、ちゃらいが優秀な諜報員・クルマとコンビを組み、世界の命運を懸けた任務に挑む。任務の目的は、天才発明家二コラ・テスラの遺産であり、超常的な力を秘めた「テスラの欠片」を回収すること。欠片を狙う他国の諜報員たちを出し抜き、二人は任務を達成できるのか!?

半人前の少女忍者（くノ一）、うさぎを主人公に歴史上の人物が多数登場する時代劇漫画。舞台は戦国時代であり、天正8年（1580年）から物語は開始する。