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帝都ザーフィアスに住む青年ユーリはある日、下町の水道魔導器（アクエブラスティア）から魔核（コア）を抜いた泥棒モルディオを追うことになるが、今までの無茶が祟って牢屋に投獄されてしまう。当然のように脱獄した彼は、城内で騎士に追われる少女エステリーゼと出会う。エステリーゼは「会わなければならない人がいる」と訴え、ユーリの親友フレンの名前を出す。ユーリは魔核泥棒を追うため、そしてエステリーゼをフレンに会わせるため、慌ただしくも共に帝都から旅立つのであった。

夜が明けることのない星に、「アンバーグラウンド」という名の地がある。首都を照らす人工太陽の光が届かない、暗く危険な地域を旅する国家公務があった。彼らの仕事はその地で生きる人々の「こころ」が込められた「テガミ」を届けること。命を賭して「こころ」を届ける彼らを人々は「テガミバチ」と呼んだ。 7歳の頃、母親と生き別れた少年・ラグ・シーイングは、郵便物（テガミ）として運ばれることになるが、そんな自分を守り、目的地まで送り届けてくれた、テガミバチのゴーシュ・スエードに憧れを抱き、テガミバチになることを決意。5年後、見事採用試験に合格したラグは、最高のテガミバチ「ヘッド・ビー」を目指すため、配達作業に奮闘する。

最大のレンズ「神の眼」を巡り、グレバム、ヒューゴ、そしてミクトランが起こした騒乱。だが蘇ったソーディアンと新たなるマスターたちの手によりミクトランは滅び、神の眼とともに世界を覆っていた外郭は砕かれた。スタンたちはソーディアンマスター「四英雄」とその仲間たちとして称賛を受け、再び世界はひとまずの平和を取り戻した。 そして、18年の月日が流れた――――――。 ルーティは孤児院を運営しており、腕白な子供達に手を焼きつつも世話をしていた。

ディレクターズカット版・リオンサイドのコミカライズ。そのためストーリーがリオン、シャルティエ、マリアンらの視点から描かれている。

その星は白き女王と黒き女王の偉大な二つの勢力が均衡を保つことで平和を維持していた。だが黒き女王は星の全てを欲するようになり、戦闘能力に長けた流星人を率いて白き女王を攻める。流星人の尾を狩る力を持つ尾狩人たちが、白き女王を守るべく抵抗するも、白き女王は討たれ、戦争は終結を迎えた。世界は黒き女王の支配に堕ちたが、唯一アゲハの国だけが属国にならずにいることを、彼女は決して許さない。

物語の舞台となるのは、二つの世界が平行に存在する“対面世界”エターニア。エターニアは明るく、暖かい気候の「インフェリア」と、その遥か頭上、空の向こうに逆さまに存在する「セレスティア」から成る。 インフェリアの片田舎の村・ラシュアンに住む、幼馴染の二人組、リッド・ハーシェルとファラ・エルステッド。二人が村の見晴らし台から天上に広がる世界を眺めていると、ふいに大きな光が降ってきた。

現在から4000年をさかのぼるはるかな昔、世界は邪悪な闇の種族ディザイアンが起こした古代戦争のさなかにあった。勇者ミトスは聖地カーラーンで女神マーテルと契約を結び、ディザイアンを封印し戦争を終結させ、世界を救った。 時は流れ、封印されたはずのディザイアンが再び現れ、シルヴァラントに恐怖をもたらす。ディザイアンは人間を支配し、拉致した人間を収容する「人間牧場」と呼ばれる生体実験施設を各地に造営するなど、おぞましい所業を繰り広げていた。

キムラスカ・ランバルディア王国とマルクト帝国。敵対関係の二大国の危うい均衡状態が続く中、キムラスカ公爵家の一人息子・ルークがマルクトの者に誘拐される。後に救出されたものの、ルークは全ての記憶を失っていた。 それから7年後、自分の屋敷に軟禁されて育ったルークは、師匠・ヴァンとの剣の修行が唯一の趣味となっていた。

兵士として自らの名を上げるために故郷のリーネ村を飛び出したスタン・エルロンは、セインガルド王国の首都ダリルシェイド行きの飛行竜「ルミナ・ドラコニス」に密航するが、密航が発覚し武器を取り上げられてしまう。そこへ魔物が襲来。武器を取り上げられていたスタンは武器を探すため飛行竜内を捜索する。そして倉庫内で見つけたのが知能ある剣「ソーディアン・ディムロス」だった。

兵士として自らの名を上げるために故郷のリーネ村を飛び出したスタン・エルロンは、セインガルド王国の首都ダリルシェイド行きの飛行竜「ルミナ・ドラコニス」に密航するが、密航が発覚し武器を取り上げられてしまう。そこへ魔物が襲来。武器を取り上げられていたスタンは武器を探すため飛行竜内を捜索する。そして倉庫内で見つけたのが知能ある剣「ソーディアン・ディムロス」だった。