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ニンジャ抗争で殺された妻子の仇を討つため、 「ニンジャスレイヤー」となったサラリマン、フジキド・ケンジ。 次々とソウカイヤニンジャを殺戮していくが、 ついに最強のニンジャがフジキドの前に立ちふさがった。 その名はダークニンジャ。 執拗にフジキドを追い求め、戦いを挑む彼の真意とは…。

トラウマから笑えない少年・忍者＜しのは＞、表向きはエリート会社員ながら裏では組を牛耳る極道＜きわみ＞。そんな２人が出会った時、３００年にわたる忍者＜ニンジャ＞と極道＜ゴクドウ＞の殺し合いの炎が熱く燃え盛る!孤独を抱えた漢達による、情熱と哀切に彩られた命のやり取り。決めようか…忍者と極道、どちらが生きるかくたばるか!

IRCネットワークが世界を網羅し、サイバネティックス技術が普遍化した近未来。鎖国体制下にある日本は、影から暗黒メガコーポと称される巨大企業によって操られ、首都である巨大人工島ネオサイタマの治安は悪化、そして時を越えて蘇った半神的存在「ニンジャ」が暗躍を繰り返し、まさに古事記に予言されたマッポーの世を迎えていた。 平凡なサラリマンであったフジキド・ケンジは、ニンジャ同士の抗争に巻き込まれて妻子を殺されてしまう。しかし瀕死の重傷を負った彼に、全てのニンジャへの憎悪を燃やすナラク・ニンジャのソウルが憑依。フジキドは赤黒い装束を纏い、「忍」「殺」の二文字と共に復活する。 ニンジャを殺すもの、ニンジャスレイヤーとして。

忍空組の活躍により戦乱の世も治まったかに見えたEDO暦3年、風助は旅の途中で忍空組の残党が悪事を働いているのを目にする。そんな折、橙次が残党の過激派に囚われたとの報に接する。彼らは「忍空狼」と称し、1人1人が隊長顔負けの実力を持つ刺客を干支忍達に放っていた。かくして干支忍と忍空狼による忍空戦争が勃発した。

日本プロレス界に、突如として現れた覆面レスラー・仁侠姫レイラ。彼女は人気レスラー・羽丘勇人に挑戦し、見事な逆転勝利でデビュー戦を飾る。 デビュー戦の後、姿を消していたレイラが、北部プロレスのリングに乱入。巨漢レスラー・ノース嵐に勝利する。再びプロレス界に登場したレイラを巡り、様々な思惑が交錯する。

遺跡層におおわれた巨大人工天体「アポシムズ」。危険な「自動機械」や「人形病」に侵された者たちが彷徨う極寒の地表で暮らすエオ、ビコ、エスロー達は行軍訓練のさなか、強大なリベドア帝国の兵士に追われる不思議な少女を助ける。少女から託された「コード」と「七つの弾丸」、それは世界の運命を大きく変えるものだった……!!

突如現れ、圧倒的な力で人類への攻撃を始めた “鬼獣（きじゅう）”と呼ばれる異形のモノ。 街を破壊され、絶望に暮れる人々。 誰もが諦めかけたその時、鬼獣に立ち向かう一つの影が！ 「テメーら、トサカにきたぜ！！」 人類の前に降り立った、小さな希望。 それは一羽のニワトリだった！！！！

黒妖精ハンターであるドラゴンは悪名高い黒妖精・シェヘラを追い詰めたことで、封印された闇の黒妖精王・BB（ブラックバタフライ）の夢の中の世界へと連れ込まれてしまう。ハンターであったことを忘れ、ドラゴンは山本竜として平凡な高校生活を送っていたが、幼なじみ（と認識していた）の少女・由嬉を襲う黒妖精によって記憶を取り戻す。

ある日、日本は突然異世界に転移した。食糧難に陥った日本政府は海上自衛隊所属【P-３C】を飛ばし、付近の探索を開始。大陸を発見した日本は、そこに発展途上ではあるが異世界の国の存在を確認し、交渉を始める。食糧の輸入とインフラ整備の輸出で、いったんは危機を脱した日本だが、国交を樹立した国の戦争に巻き込まれ、再び危機に直面する。

機動すずめに追われていた少女・「ねりね」は月夜の晩、ある男女に救われる。 根暗だけど馬鹿丁寧でお金にはうるさい「朱彦」とハイテンションで雪をあつかう妹の「雪緒」の２人は、説得から退治まで怪異がらみの“なんでも屋”、二本松兄妹で…!?