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遙かなる時空の中で3より約650年後の世界が舞台。舞台は幕末、黒船来航以後の攘夷論の盛んだった時代をモチーフに作られている。

現代の女子高生・梓は、ある日突然、大正時代によく似た世界に時空移動してしまう。見知らぬ世界でピンチに陥った梓は、自らを“鬼”と名乗る謎の青年、ダリウスに助けられ、彼の邸へと匿われるが…

西日本の海上に浮かぶ小さな孤島・青藍島。 都会への流出など人口減少に待ったをかけるべく、島は「ドスケベ条例」を施行! その結果、島中どこでも性行為OKな「性乱島」と呼ばれるまでになるが、性行為をしないことは条例違反として処罰されるようにも! そんな島で性行為に興味津々ながら、地味さと存在感の無さから未だ処女である畔美岬は、ある日暴漢に襲われ貞操の危機を反交尾勢力 NLNS救出される

主人公である白羽真奈は、弓道部に所属する普通の高校生。変化の少ない日常生活の中、真奈は突然の出来事に巻き込まれ、戦国の世に飛ばされてしまう。時は戦国、永禄4年。飛ばされた先で真奈は上杉政虎――後の上杉謙信と出会い、先の世の人間に興味を持った政虎により“毘沙門天の使い”として春日山城に招かれ、直属の忍びである“軒猿衆”に警護される事となる。困惑しながらも前向きに他人との絆、自分の存在価値を見出していく真奈だったがある日、政虎の死を予感させる白昼夢を見てしまう。それを暗示するように、政虎と甲斐の武田信玄による、第4次川中島の戦いが行われようとしていた。

ゲーム『ドラゴンクエストVII エデンの戦士たち』のストーリーに忠実ではあるが、オリジナルのキャラや要素の追加（作者自身の『ドラゴンクエスト列伝 ロトの紋章』を髣髴させるものや『ドラゴンクエストモンスターズ キャラバンハート』から連想されるキーファの新要素など）があり、作者による新たな魅力を持った「エデンの戦士たち」が描かれている。

ゲーム『ドラゴンクエストVI 幻の大地』のストーリーを基にして描かれた作品である。

ゲーム版の事件から4年後、サイバーコネクト社（CC社）が、「The World」のプレイヤーを対象とした限定キャラクタープレゼントキャンペーンを実施する。その限定キャラは、.hackersという伝説のプレイヤーである「カイト」と「ブラックローズ」のキャラデータであった。それに応募した国崎玲奈（レナ）が見事当選し、双子の兄である秀悟（シューゴ）を誘い「The World」で遊んでいたが…。

かつて世界には魔女が住んでいたが、やがて魔女は姿を消し、人々は魔女の存在を徐々に忘れていった。 現代、ちょい悪少年・西村アクジは見習い天使・ルルと共に、人間界に住む魔女を探し出すという使命を大天使から与えられる。引き受けなければ礼拝や募金を義務付けられる「善人」にすると脅され、アクジは渋々引き受ける。

高校2年の夏休み、主人公は従兄であるナオヤに呼び出され、「COMP」を渡された。その「COMP」から“悪魔”が出現する。そして突如、自衛隊により山手線を境に封鎖された首都東京。街にあふれ出す異形の“悪魔”。 日を追う毎に悪化してゆく封鎖内の状況、立ち向かう力を持たない人々を襲う“悪魔”達。かつて無い恐怖にさらされる人々。残された時間は、あと7日。

陸軍大佐・武藤の命令で、スパイ疑惑のある親日家のアメリカ人・ジョン・ゴードンの自宅を捜索する憲兵隊。しかし彼らは、憲兵隊の振りをしたD機関のスパイたちだった。憲兵隊長・佐久間は、捜索中、ゴードンのある言葉に疑問を抱く。武藤の真の目的は、D機関に捜索を失敗させ、先に憲兵隊に発見できなかった失敗をうやむやにすることであった。